Si, puede afectar de muchas maneras.
Para empezar puede ocurrir que el silenciador no este bien hecho y las bolas rocen en el al salir.
Ademas, influye mucho el diseño interior del mismo ya que al salir la bola del cañon, el "resoplido" que viene detras en vez de escapar libremente choca contra el interior del silenciador creando turbulencias que pueden afectar a la bola.
Yo me he encontrado muchos casos de los que te comento...que la bola salia con un vuelo erratico, pero tambien me he encontrado otros en los que el silenciador aumentaba los fps (hablando de silenciadores huecos, sin cañon interno).
En general, yo no recomiendo su uso salvo casos muy conretos y/o meramente esteticos.
